本申请公开了一种具有生防烟草赤星病的菌株及其发酵方法、烟草赤星病防治复配剂，菌株为菌株WSWFJ38，保藏登记号为：CGMCC No.20142；菌株为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis。通过将WSWFJ35菌、10％多抗霉素、助剂、水按照比例复配，将所得复配制剂喷雾施用于烟叶叶片正反两面。由于将低毒化学农药用量减半并与该生防菌剂稀释互配使用，经试验证明，本发明提供的WSWFJ35菌与10％多抗霉素复配剂双重作用机制对烟草赤星病病原菌有很强的抑制作用，对烟草赤星病显示出很好的防病效果，从源头上减少了化学农药的使用，同时防止过度施用化学农药导致病菌不产生抗药性的问题，增效作用明显，该复配制成本低、效果好、对环境友好，因此具有很好的生物农药开发前景。