本发明公开了一种继电保护装置中文件系统可靠性的自动测试方法，包括以下步骤：获取输入参数，通过获取到的输入参数进行预设置得到预设置参数；对所有的测试用例进行编码，对所有的测试用例进行测试；在服务端选择需要测试的测试用例和预设置参数，测试用例和预设置参数进行与逻辑；在对所有的测试用例测试后，继电保护装置测试结果传到服务端的人机界面，验证文件系统的相关参数结果，评估文件系统的稳定性。本发明对继电保护装置中文件系统运行的稳定性和可靠性进行检测，执行各种测试用例对文件系统进行可靠性测试，能够全面完整的检测文件系统的性能。