本发明公开了一种根据联络线与储能寿命的海岛微电网优化运行方法，其技术方案要点是包括建立蓄电池吞吐量寿命模型，蓄电池吞吐量寿命模型根据电池组荷电状态和反馈充放电深度状态折算成经济成本并进行评估；建立联络线功率评价指标，采用随机机会约束法引入自然资源和负荷的不确定约束，并且以正态分布描述误差的概率部分，将不确定约束转化为确定约束，添加到蓄电池吞吐量寿命模型中进行求解；采用目标隶属度函数，根据最大化满意度指标法将多目标问题转化成单目标进行优化求解，以海岛微电网的经济成本、联络线负载率和联络线功率方差为优化目标进行优化，该方法能够优化联络线的资产利用率和储能寿命，避免了单目标优化下的极端情况。