本发明公开了一种考虑绿色证书的调峰辅助服务补偿方法，包括：根据预设的时间阈值对当日的时间进行划分，获得与之对应的时间段集合，并通过所述时间段集合内每个时间段内可再生能源机组预测发电曲线与实际发电曲线获得偏差发电量以及偏差发电量系数；根据所述偏差发电量系数，筛选出时间段集合内反调峰时间段；计算总反调峰时间段内偏差绿证量，并将所述偏差绿证量按比例分配给相应的调峰辅助服务发电机组。本发明能够解决调峰辅助服务市场补偿机制不平衡的问题，实现了对可再生能源反调峰时段造成的辅助服务成本增量在发电侧以绿证的形式进行二次分摊，在一定程度上弥补了当前调峰辅助服务市场分摊机制的不足。