为解决电气设备激增产生大量谐波注入电网而造成电网的传输和电能利用率低下，致使电网企业需要投入大量的社会资源且不能灵活供电的技术问题，本发明提供了一种基于深度学习的电能质量控制系统及控制方法。本发明结合深度学习技术，将传统电能质量控制系统原有的固定控制方法改进为基于大数据和实时数据结合的自适应控制方法，提高了电能质量控制系统的智能化水平，能大大减少用电设备的谐波，使用这些方式如增大无功补偿、投切电容等能增大供电系统的容量，使电能质量更加良好。