本发明涉及一种预防对虾早期死亡的饲料添加剂及其制备方法及应用，该添加剂的主要成分包括微囊化雨生红球藻藻粉、有机酸及酯类。通过两种不同功能的包被液达到对有机酸及藻源虾青素的缓释和保护；利用双层包被工艺，提高了该添加剂的相对独立性，有效规避了应用过程中与饲料成分反应。在南美白对虾饲料中加0.5％～1％质量分数的该添加剂可有效增强南美白对虾的机体免疫力，有效控制副溶血弧菌的繁殖、改善肠道菌群平衡、同时增强对虾抗病性能，进而阻止南美白对虾早期死亡综合征的爆发，促进对虾健康生长，且对饲料的适口性无任何不良影响。该添加剂无污染、无残留、无任何副作用，安全环保，可广泛应用于饲料添加剂技术领域。