本发明公开了一种应用于CO2系统的冷库控制器，属于控制器领域，包括控制器主板和手操器；所述控制器主板包括基板和设置于基板上的MCU，以及分别与控制器主板MCU连接的温度输入模块、模拟量输入模块、模拟量输出模块、开关量输入模块、开关量输出模块、RS485通讯模块、实时时钟电路；所述手操器包括基板和设置于基板上的MCU，以及分别与手操器MCU连接的按键检测电路、LCD液晶显示背光模块、RS485通讯模块；所述控制器主板中的RS485通讯模块通过RS485总线与手操器中的RS485通讯模块相连并进行数据交换；结构简单，布局合理，能够让大规模CO2冷库高效运行，达到节能降耗目的。