本发明公开一种母线保护的二次回路检测方法，包括以下步骤：S1：控制器采集母线保护的二次回路所有支路的开关量和模拟量信号，计算大差电流和各段母线的小差电流；S2：判断大差电流是否大于差流有流门槛，若是则执行步骤S3，否则执行步骤S4；S3：计算采集到的各支路模拟量信号，并与实际值比较，定位异常支路；S4：判断小差电流是否大于差流有流门槛，若是，则执行步骤S5,否则二次回路正常，执行步骤S6；S5：调整支路与母线的连接关系，计算调整后的小差电流，定位异常支路；S6：显示二次回路正常/异常情况。本发明实时在线检测二次回路是否异常，并快速定位出异常支路，提高母线保护的运维效率以及运行可靠性。