本发明涉及一种基于PTP协议的变电站网络设备对时检测方法及系统，对时装置分别对PTP报文发送装置和网络设备发送B码进行对时；PTP报文发送装置和网络设备完成B码对时后，PTP报文发送装置向网络设备发送PTP协议报文；网络设备的采集口进行PTP协议报文采集，对PTP协议报文打上本地时间戳；网络设备发送带有本地时间戳的PTP协议报文，采用网络封包分析软件进行抓包，打开采集的PTP协议报文，读取时间字段的时刻与本地时间戳的时刻进行比较，获得对时精度。本发明通过网络设备和PTP报文发送装置同时对时进行对时统一，再利用PTP报文发送装置对网络设备进行精度判定，方法简单，测试快捷且易于实现，适用范围广。