本发明公开了基于多维特征辨识的电抗器控制绕组匝间保护方法及系统，该方法包括：采集可控并联电抗器网侧绕组首端CT1三相电流、网侧PT1三相电压、控制绕组CT3三相电流的电气量；根据所采集的电气量，分别进行磁平衡差动保护启动判别、零序电压检测判别、控制绕组零序电流启动判别、控制绕组零序电流谐波判别、系统扰动判别；根据结果进行综合判别来实现可控并联电抗器控制绕组匝间保护。本发明通过综合磁平衡差动保护启动、零序电压检测、控制绕组零序电流启动、控制绕组零序电流谐波、系统扰动判别，完成可控并联电抗器控制绕组匝间保护，解决了可控并联电抗器控制绕组匝间短路故障时传统保护灵敏度低、动作速度慢的问题。