本发明属于磷系阻燃剂技术领域，具体涉及一种低卤高聚合度磷酸酯阻燃剂的制备方法，包括如下步骤：(1)以双羟基或双胺基类化合物、磷酰二氯类化合物为原料进行制备低聚磷酸酯溶液；(2)将低聚磷酸酯溶液进行浓缩至其呈粘稠状混合物，向粘稠状混合物中加入溶剂使其溶解成溶液状态，随后升温至溶剂的沸点温度，并在该温度下保温聚合反应1～6h，经过滤，获得聚磷酸酯团聚物；(3)将聚磷酸酯团聚物高温聚合后，再经冷却制得低卤高聚合度磷酸酯阻燃剂。相对于现有技术由合成的低聚磷酸酯直接聚合形成高聚磷酸酯的方式相比，本申请采用分段聚合的方式，有效降低了成品聚磷酸酯中缚酸剂盐的残留。