本发明公开一种自动化数码印刷生产线，包括机架，所述机架上设有包装瓶整理装置、数码打印机构和转运机构，所述包装瓶整理装置包括上料缓存盘、理料格栅和提升翻转辊，所述理料格栅和提升翻转辊均设置在所述上料缓存盘上，所述提升翻转辊与所述理料格栅的包装瓶输出侧相对应，所述数码打印机构包括数码打印机头，所述数码打印机头位于所述提升翻转辊上方。采用数码打印机构对制药行业的包装瓶进行打印，与现有技术中的字版印刷及贴标工艺相比，节省了人工，降低了生产成本，提高了生产效率。