本发明涉及一种基于反馈机制的1PPS时间同步系统及方法，包括频率基准单元、脉冲同步单元、相位检测单元、核心处理单元和输出校正单元；脉冲同步单元将外部输入1PPS生成同步1PPS脉冲；相位检测单元对外部输入1PPS和同步1PPS脉冲上升沿间的相位差的测量结果反馈到核心处理单元；核心处理单元完成相位的初始补偿。为了进一步更加精确的补偿链路时延，将输出1PPS脉冲反馈至相位检测单元与输入1PPS进行相位比较，得到链路时延的动态变化数据，核心处理单元将数据进行平滑处理，得到链路时延的动态精准校正补偿值，完成1PPS相位的闭环校正。本发明能够保证输出1PPS与外部输入1PPS的高精度同步。