本发明公开了一种复杂生物礁底水气藏见水时间预测方法，包括：利用数值模拟技术，建立复杂生物礁底水气藏数值模型；分别开展各个影响因素对底水锥进、水锥突破时间及无水采气量的影响程度分析，初步确定影响气井见水时间的主要因素；根据影响气井见水时间的所述主要因素，建立与气井无水采气量的一元回归模型；利用多元非线性回归分析方法，得到主控因素，确定其权重系数，建立多因素控制的无水采气量预测数学模型；根据所述多因素控制的无水采气量预测数学模型，结合气井无水采气量与采气速度的关系，建立生物礁底水气藏见水时间预测数学模型；根据实际生产数据，能够预测非均质性强、气水分布复杂的生物礁底水气藏的见水时间。