本发明公开的一种电热综合能源系统双层规划方法，属于清洁供暖和制冷、能源系统容量规划、运行调度技术领域。基于电热综合能源系统包含的各机组运行原理，依据电热冷负荷供需关系，以冷热双蓄式热泵的新建成本和电热综合能源系统运行成本最小为上层目标，以用电费用最低为下层目标建立容量规划和运行调度策略的双层规划模型。通过智能算法求解双层规划模型，对火电机组、冷热电联产机组、热泵机组、冷热双蓄装置的容量及冷热双蓄式热泵的安装地点进行规划。基于上层求出的容量规划与机组运行约束，以用电费用最低进行下层运行调度。本发明能够降低系统的投资成本、运行成本以及减小系统的弃风电量，降低用户用电费用。