本发明提供了一种反时限过电流继电保护调控方法及系统，包括：基于APF的出口电流监测到系统发生谐振时：基于预先构建的最优继电保护动作表，切除最优继电保护动作值的APF；继续监测APF的出口电流，如果电流谐波含量小于动作值但电网质量不满足设置的供电质量要求时，基于微电网中的电能质量要求，在选定的APF中添加有源阻尼控制。本发明当微电网孤岛APF并联系统运行发生谐振时，首先通过反时限过电流继电保护切除某台APF与大电网的连接来抑制机间谐振，继而通过添加有源阻尼控制改善系统电能质量，解决了LCL型APF输出补偿电流与检测电流之间会存在相位偏差的问题，在降低系统损耗的同时，实现了对APF并联机间谐振的有效抑制，提高了电能质量。