本发明公开了一种大型砂石骨料加工系统生产废渣防护结构及施工方法，包括分别位于上、下游位置的过渡区、石渣阻滑区，以及位于过渡区与石渣阻滑区底部且具有一定坡度的排水盲沟；所述过渡区的内部向下凹陷形成填埋生产废渣的生产废渣区，所述生产废渣区内在高度方向上间隔铺设有碎石排水层和三维土工排水网层，所述生产废渣区的顶部铺设压载区，在所述石渣阻滑区与压载区的坡面设置植被绿化层。以解决大型砂石骨料加工系统生产废渣快速固化堆存的问题，避免产生环境污染，为后续石屑、石粉、尾泥等工程副产物的资源化利用创造条件。