本发明提供了一种光储柴微网群两级协同控制方法及系统，在光储柴微网内部实现网级控制，本地控制器通过优先控制所在光储柴微网中的柴油发电机，对本地母线电压进行控制，减少对储能系统的使用。在光储柴微网间设置微网群控制器实现光储柴微网间的群级控制，通过生成作用于每个光储柴微网的扰动，使各光储柴微网在网级控制的基础上，对光储柴微网内的光伏单元、柴发单元和储能系统进行二次协同控制，调节其对外的输出功率，使光储柴微网能更合理有效的协同运行，提高系统整体稳定性。