本发明提供一种消落带面源污染防控人工湿地系统，自下而上包括防渗夯实层、吸附填料层、底泥种植层、水流分布调节组件；防渗夯实层位于湿地最底部；吸附填料层位于防渗夯实层上方，由具有较大比表面积的无机填料组成，吸附填料层中添加有厌氧微生物，防渗夯实层上部、吸附填料层底部设置若干出水管；底泥种植层包括底泥层，底泥层下部铺设分离筛网，底泥层上模块化种植适合于消落带地区的耐水淹植物；水流分布调控组件用于控制水体流速，使水流均匀分布且增加在湿地的停留时间。本发明利用物理、化学、生物三重协同作用得到适用于消落带地区的可高效拦截、消耗面源污染物的人工湿地系统，并将其应用于消落带面源污染阻控。