本发明提供了一种海洋生物泡沫去除系统，属于海洋环保设备技术领域。它解决了现有技术设计存在的吸收泡沫时易被堵塞导致吸收率差的问题。本海洋生物泡沫去除系统，设于船舶上，包括泡沫处理箱，还包括与螺旋桨轴配合的旋转传动组件，旋转传动组件在螺旋桨轴带动下使与其连接的设在海面上用于收集海面上的泡沫的海面吸泡组件发生旋转以打碎泡沫，泡沫处理箱通过泡沫输送管路与海面吸泡组件连通等。本海洋生物泡沫去除系统的优点在于：利用旋转，实现对泡沫边破碎边吸收的功能，提高了吸收效率。