本发明公开了一种配电网保护配置优化方法及系统，属于电力系统继电保护技术领域，包括：根据实时运行方式，获取出线单元各个断路器的开合状态，以及各个断路器的保护配置，基于潮流分布，随机生成出线单元初始群体；计算各个群体的适应度函数并记录最优染色体；选择进行交叉、变异的个体，形成新一代种群；计算新种群的适应度函数，记录最终的个体；判断是否达到最大迭代数，达到则结束循环，并输出最优的个体，否则，重新进行交叉变异操作。本发明结合实时潮流进行主干线及分支线的识别，提高了配电网整定定值的可靠性，缩小配电网停电范围，保证了配电网的安全可靠运行。