本发明公开了一种多端口智能微电网能源交换机及其控制方法和系统，所述能源交换机包括：光伏斩波器、至少两个储能斩波器、输出斩波器、主机逆变器、从机逆变器和控制芯片；所述光伏斩波器的一端和主机逆变器的一端连接，一个储能斩波器的一端和从机逆变器的一端连接，另一个储能斩波器的一端和输出斩波器的一端连接；所述主机逆变器的另一端和从机逆变器的另一端连接生成三路交流端口和第一路直流端口，所述输出斩波器的另一端生成第二路直流端口；所述光伏斩波器的另一端外接光伏发电站，两个储能斩波器的另一端分别连接一个外部储能。本发明实现了新能源并网，缩小了系统占地，减小了投资成本，便于能源互联网的建设工作。