本发明提供了一种化学合成制药高盐高浓废水预处理系统，包括依次连接的格栅调节池、隔油沉淀池、混凝池、换热器，湿式催化氧化法反应塔，所述混凝池的混凝剂包括聚丙烯酰胺，两性丙烯酰胺共聚物和无机絮凝剂，所述两性丙烯酰胺共聚物是丙烯酰胺，疏水阳离子改性丙烯酰胺和苯乙烯磺酸钠共聚得到。本发明还在湿式催化氧化法反应塔使用包括氧化铜的金属氧化物为催化剂活性成分，以埃洛石纳米管改性活性炭为复合载体的负载型非均相催化剂，解决了铜系催化剂容易失活的缺陷。经过高盐高浓废水经过本发明预处理方法处理后，可生化性良好，便于进行接下来的生化处理。