本发明公开了一种基于双金属纳米叠层的表面增强拉曼散射基底的制备方法，包括以下步骤：S1：制备结构为金‑银‑金的双金属纳米条；S2：以硅烷化处理的硅片为衬底，以十六烷基三甲基溴化铵CTAB为表面活性剂，以步骤S1中所得双金属纳米条为基本单元，制备自组装双金属纳米条阵列；S3：使用氢气/氩气等离子体清除自组装双金属纳米条阵列基底上的表面活性剂十六烷基三甲基溴化铵CTAB；S4：在自组装双金属纳米条阵列基底上沉积碳化钛二维薄层材料，制备出基于双金属纳米叠层的表面增强拉曼散射基底；本发明所制备基于双金属纳米叠层的表面增强拉曼散射基底吸附能力强，增强效果好，可以用于检测多元、痕量的水体污染物。