本发明公开了一种中药材中农药残留的风险评价方法及系统。该方法包括：当检测出中药材中有农药残留量值时，获取检出农药的P97.5百分位数值以及平均值；针对中药材的服用量范围，获得中药材的最大日消费量和平均日消费量；根据P97.5百分位数值以及中药材的最大日消费量，计算检测出的农药的急性暴露量；根据中药材的服用频率、服用年限、人的寿命年限、平均日消费量以及平均值，计算检测出的农药的慢性暴露量；根据急性暴露量以及慢性暴露量，计算风险值并进行风险评价。本发明结合了中药使用频率、服用年限及使用剂量，真正实现了符合中药使用特点的农药残留风险评价模式，对于中药中农药所产生的风险进行更为精确、合理的评价。