一种己二酸结晶系统，包括进料储罐、结晶器、负压源、排空管路，结晶器为真空蒸发结晶器，从上游向下游依次包括第一、第二、第三、第四、第五、第六、第七、第八、第九、第十、第十一、第十二独立隔室，相邻独立隔室之间通过虹吸管相连，各独立隔室分别通过汽相管与负压源相连，使各独立隔室的真空度可控，排空管路的上游端封口，下游端设有第二阀门，各独立隔室的底部分别通过排空阀与排空管路并联，进料储罐经进料管路与第一独立隔室相连，第十二独立隔室通过虹吸管与出料泵相连。本发明结构简单、操作方便，可在线清除各独立隔室内生成的己二酸疤块，而不需要停车、停工，有效保证企业的生产效益，且降低结晶系统的运行成本。