一种具有过滤功能SERS基底的制备方法及应用，属于分析化学技术领域，包括以下步骤：步骤1：配制HCl‑SnCl2混合溶液；步骤2：将滤纸单侧固液界面接触预先配制的HCl‑SnCl2混合溶液；步骤3：取出滤纸，依次用超纯水和丙酮冲洗，将滤纸自然晾干，将干燥的滤纸浸泡在AgNO3溶液中，浸泡一定时间，取出一侧为白色一侧为深褐色的滤纸，超纯水冲洗；步骤4：将此时的滤纸浸泡在AgNO3溶液中，随后加入抗坏血酸溶液，浸泡一定时间，取出再次超纯水清洗得到具有过滤功能的SERS基底。本发明SERS基底具有过滤速度快、灵敏度高、制备简单及成本廉价等优点，适用于快速分离检测食品中的有害物。