本发明属于有源配电网故障区段定位技术领域，提供了一种基于直轴电流的有源配电网差动保护方法及系统。其中，基于直轴电流的有源配电网差动保护方法包括获取被保护区段两端的三相电流；检测到被保护区段发生故障后，分别计算被保护区段两端的故障后各个采样点的直轴电流，且交换被保护区段两端的各采样点信息；计算被保护区段两端各对应采样点的差动量和制动量；其中，差动量为被保护区段两端的直轴电流之和的绝对值；制动量为被保护区段两端的直轴电流之差的绝对值再与制动系数相乘的积；求取一个周期内所有采样点的差动量均值和制动量均值，根据差动量均值和制动量均值的比较结果来判别故障区段。