本发明提出了一种针对流密码算法的差分故障分析方法、系统及存储介质，利用位置信息的状态表示输出的差分密钥流；并进行分类；给定差分密钥流，按照其所属类别，确定错误注入的位置，并引入优化策略；当错误位置确定后，根据差分序列提取足够多的方程来恢复密码算法的初始状态；密码算法的初始状态被恢复后，对任意明文进行加密，得到相应密文及标签，在解密过程中能通过验证，即完成伪造攻击。通过利用位置信息的三种状态表示输出的差分密钥流，同时提出了一些优化策略，提高了错误位置定位的准确性，在恢复初始状态阶段，给出提取足够的方程的方法，形成一套完整的实现差分故障分析的方法，对基于移位寄存器的流密码算法具有普适性，具有广泛的应用前景。