本发明涉及一株铜绿假单胞菌Y12及其应用，属于农业微生物技术领域，本发明提供的铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa），菌株编号为Y12，保藏编号为CGMCC No.15977，分类命名为铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）。该铜绿假单胞菌Y12发酵液Y12对烟草赤星病菌Alternaria alternata具有较好的抑制作用，可将其作为活体菌剂和代谢产物的剂型加工开发，用于烟草赤星病菌的防控，效果好成本低。