本发明公开了一种实现离散希尔伯特变换的信号处理方法及系统。该方法包括步骤：获取输入信号，将输入信号分解为多个长度相等的短信号；分别对每个短信号进行加窗，获得多个加窗信号；分别对每个加窗信号进行对称离散傅里叶变换，获得多个频域信号；分别对每个频域信号的虚部进行求和，将求和结果作为离散希尔伯特变换的输出信号。本发明利用奇数对称离散傅里叶变换的虚部积分特性，实现了离散希尔伯特变换，解决了经典离散希尔伯特变换存在边缘效应的问题。