本发明提供了一种基于行波主频率的直流系统自适应重合闸方法。该方法包括：在直流系统输电线路发生故障后，对线路的正、负极电压及正极电流进行采样，利用MUSIC算法计算出线路的线模电压行波的主频率，判断电压行波的主频率是否等于线路的固有特征频率的主频率，如果是，确定线路瞬时性故障，混合断路器重合闸；否则，利用STFT算法分别提取电压行波主频率和固有特征主频率对应的电压幅值，计算出特征信号幅值比值。根据特征信号幅值比值变化标定故障消失时刻，基于故障消失时刻确定混合断路器重合闸的具体时刻。本发明通过主动判断故障性质，避免了直流断路器盲目重合于故障，实现了直流断路器自适应重合闸。