本发明涉及一种储能系统辅助发电机组调频的柔性控制方法及系统，方法包括：设置柔性发电机组，将储能系统连接在所需辅助的发电机组的出口母线上，储能系统和发电机组共同构成一个“柔性发电机组”的发电单元；采集并反馈柔性发电机组的运行信息用于储能的控制，其中，柔性发电机组的运行信息包括发电机组的转速ω和输入的机械功率Pm；采集并反馈柔性发电机组的总输出功率Po，包括发电机组的输出功率Pe和储能系统的输出功率PI；储能系统的逆变器根据柔性发电机组的运行信息得到储能系统有功功率的给定值Pref，由逆变器的定功率控制实现储能系统输出给定的有功功率。本发明可以广泛应用在发电机组调频的柔性控制过程中。