本发明公开一种混合直流输电系统故障保护方法及系统，所述混合直流输电系统的逆变站采用电压源型换流器，且所述电压源型换流器的每个桥臂的桥臂电抗器位于直流正极公共点或负极公共点与每个桥臂的换流阀之间；所述故障保护方法的步骤是：首先采集流经电压源型换流器的直流电流，从中提取计算桥臂电抗器的短路故障特征，并判断桥臂电抗器是否发生短路故障，若确认桥臂电抗器发生短路故障，则发出告警或闭锁电压源型换流器并跳开电压源型换流器所连接的交流进线断路器。此种技术方案能够有效解决电压源型换流器桥臂电抗短路故障的识别问题，有效地保护电压源型换流器及桥臂电抗等设备的安全。