本发明提供了一种考虑储能运行约束的混合微电网能量分配方法及系统，属于微电网能量分配领域。该方法包括：预测风电场的输出功率，预测光伏发电单元的输出功率，预测负荷需求的功率，在储能电池系统的动态运行约束方程下求解微电网能量分配优化目标函数，结合优化目标函数的求解结果和预测得到的风电场的输出功率、光伏发电单元的输出功率以及负荷需求的功率对微电网进行能量分配。本发明充分考虑了储能电池系统的动态特性，能够保证储能电池安全、合理、可靠运行，保证微电网安全可靠运行。