本公开涉及一种玻璃钢船底壳的制造方法及制造系统，制作步骤包括：制作底壳模具：预制舷外机底壳模具和楔形模具，在舷外机底壳模具内壁面的中部预制定位凸起；楔形模具中具有定位缺口，定位缺口用于卡合定位凸起，楔形模具的形状被设置为：舷外机底壳模具与楔形模具的组合能够形成舷内机底壳模具；当制造舷外机底壳时，去除楔形模具，利用玻璃钢真空灌注工艺完成舷外机底壳的制作；当制造舷内机底壳时，在舷外机底壳模具中安装楔形模具以形成舷内机底壳模具，利用玻璃钢真空灌注工艺完成舷内机底壳的制作。