本发明涉及生物工程技术领域，具有涉及4株我国自主知识产权的、符合国内传播规律的金黄色葡萄球菌标准菌株，可用作食品、药品、临床检验等不同领域的标准参考菌株。其保藏编号分别为GDMCC 60841、GDMCC 60843、GDMCC 60844和GDMCC 60845。本发明的4株金黄色葡萄球菌菌株，具有标准的葡萄球菌菌体显微形态和生理生化特征，遗传背景清晰，且耐药性、毒力基因和分子检测靶标等信息清晰。本发明还涉及一组用于检测、鉴别上述4株金黄色葡萄球菌标准菌株的特异性靶标基因以及对应的PCR引物。最后，本发明还提供了一种存活率高、特异性的金黄色葡萄球菌冻干保护剂，可用于本发明标准菌株的长期储存。