本发明公开一种深水浅覆盖层全嵌岩桥梁基础施工方法，按照以下步骤顺序进行：首先在水上建立钢栈桥和钢平台，然后沿设计承台边线外施工锁扣钢管桩围堰。在钢平台上安装桩基设备，施工桩基础，同步对锁扣钢管桩围堰进行引孔、复振，并在管内和孔内将填充物填充一定高度，使围堰底部固结。利用钢栈桥和钢平台之间的空隙，搭设临时平台，安装注浆设备，对浅覆盖进行帷幕注浆止水。拆除钢围堰内钢平台，抽水逐级安装围檩支撑，直至在围堰内形成无水作业环境。割除桩基施工用钢护筒，下放开挖设备，对浅覆盖层和软石进行清理。施工截水沟用于截水，如果围堰内有漏水及时进行封堵，并在围堰内也进行帷幕注浆止水等。