本发明涉及一种硼中子俘获治疗(BNCT)生物剂量计算方法。本发明所述方法基于中子自显影技术实现肿瘤细胞尺度和肿瘤/正常组织血管硼浓度分布的精确测量；依据不同硼药分布特点、中子能谱以及组织材料特征，通过蒙特卡罗模拟和微剂量学生物模型构建硼分布及中子能量与BNCT各射线组分相对生物效应(RBE)或复合物生物效应(CBE)的对应关系；基于医学影像数据构建病人个体化辐射仿真人体模型，进而得到三维剂量分布；根据肿瘤靶区、正常器官的轮廓勾画，并结合三维物理剂量分布和生物效应因子获取等效生物剂量，计算得到肿瘤及正常组织器官的剂量体积直方图(DVH图)，为新型靶向药物设计、精准BNCT临床治疗计划生物学转化提供理论基础。