本发明公开了基于区域分解获取堆芯中子标通量的方法，包括以下步骤：S1、构建两级网格结构：S11、构建堆芯几何对象和组件几何对象；S12、基于构建的几何对象构建两级网格结构，所述两级网格结构包括第一级网格和第二级网格，在第一级网格内根据堆芯几何对象建立求解区域，所述求解区域为规则的矩形结构；S2、根据第一级网格将长特征线分区域截断，根据第二级网格对截断后的特征线进行细网追踪，生成用于堆芯中子输运扫描的特征线段信息；S3、获取堆芯中子标通量：在平源近似的条件下，以堆芯中子的初始标通量为已知参数采用迭代计算获取堆芯中子标通量。本发明解决了现有长特征线法无法适用于获取大规模堆芯的堆芯中子标通量的问题。