本发明公开了一种异构飞机穿越航路的安全风险计算方法及装置，技术方案包括：自定义第一目标飞机为碰撞盒、第二目标飞机为一质点；以质点为原点建立三维直角坐标系，并基于三维直角坐标系生成碰撞风险区，三维直角坐标系中的X轴是第二目标飞机沿所飞航路的方向，Y轴是水平面上垂直于X轴的方向，Z轴为垂直于X‑Y平面的方向；基于交叉航迹模型计算质点在纵向上位于碰撞盒内的第一概率；基于预设概率密度函数计算质点的中心轴重叠的第二概率；计算质点在侧向上位于碰撞盒内的第三概率；计算技术误差以及运行误差，并根据第一概率、第二概率第三概率、技术误差以及运行误差计算第一目标飞机以及第二目标飞机的碰撞概率。