本发明实施例提供了一种基因分型方法、装置、电子设备及存储介质，其中，上述基因分型方法，包括：获取待分型序列、预设基因库中的基准参考序列以及第一差异结果集，预设基因库包括多个候选参考序列，第一差异结果集包括与多个候选参考序列分别对应的多个第一差异结果，第一差异结果用于表征对应的候选参考序列与基准参考序列之间的差异；获取待分型序列与基准参考序列之间的第二差异结果；从多个候选参考序列中确定出目标参考序列，目标参考序列为对应的第一差异结果与第二差异之间满足第一预设条件的候选参考序列；依据目标参考序列确定待分型序列的分型结果。本发明实施例能够有效降低数据的处理量，提高比对与基因分型效率。