本发明涉及一种基于注入零序特征信号的微电网保护方法，包括以下步骤：选取微电网中的一个逆变型微电源为注入源，在该微电网正常工作时，选取该电网中的一个逆变型微电源为注入源，该注入源在输出工频电流的同时，持续注入小幅值的特征信号，该特征信号为零序特征信号；注入源持续监测其出口处的特征信号幅值，若降至其第一额定值的第一倍数以下时，则启动微电网保护；保护启动后，增大注入源的特征信号注入，并测量微电网各段线路上的特征信号，作为故障定位和选相的依据。与现有技术相比，本发明具有适用性广；故障响应特性简单，故障特征明显，不易发生误动或拒动；对微电网的保护具有高可靠性，高灵敏性和高选择性等优点。