本发明公开了一种分散微型污水处理装置的运行预警系统及方法。所述预警系统包括：进水泵及出水泵所在反应池、液位信号监测系统、流量监测系统、流量控制系统、可编程逻辑控制器。可编程逻辑控制器设总周期时长、进水泵工作开始时间、进水泵工作结束时间、出水泵工作开始时间、出水泵工作结束时间、生化反应工作开始时间、生化反应工作结束时间。可编程逻辑控制器将采集到的各数据对比分析并通过时间、液位信号监测系统、流量控制系统在运行逻辑作用下实现系统预警、系统连续流运行方式或序批式运行方式的切换。本发明安装改造简单、运行切换方便、可有效适应分散地区污水水量波动大的特征，处理效果稳定。