本发明公开了土霉素菌渣无害化处置工艺，包括下列步骤：S1：选用土霉素生产过程中酸化工序所产生的菌渣，采用板框压滤机脱水，压缩空气吹至含水率不大于65％；S2：堆场进行厌氧发酵，厌氧发酵周期为三个月，厌氧发酵过程中，利用自带菌种进行发酵，厌氧发酵结束后，菌渣预处理后进入好氧发酵；本方法通过前期物理干燥，改变了菌渣的物理特性，又通过生物转化的方法将菌渣转化成无公害、可再次利用的原材料替代了部分发酵原材料，在降低生产成本的同时，还减少了废渣的处理成本。