本发明公开了一种城市景观湖泊水生态系统健康评价及诊断方法，将指标体系设计为递阶层次结构，分为目标层、准则层和指标层，目标层是对湖泊健康评估指标体系的高度概括，用以反映湖泊健康状况的总体水平；准则层从不同侧面反映湖泊健康状况的属性和水平，包括水质、底泥、生物群落、湖岸带4个方面；指标层是在准则层下选择若干指标所组成，指标评价以定量为主，定性为辅。将影响湖泊水质健康的各种因素进行具体划分并赋值打分，采用层次分析法确定准则层和指标层的评价权重，最后根据计算结果评估湖泊的健康状况以及制定相应的修复对策措施。