本发明涉及一种有源滤波器控制方法及系统，其包括：选择有源滤波器经无源滤波器并入高压电网的基本拓扑结构；设置有源滤波器谐波容量；设置电流检测点，根据检测点的电流值得到电网电流，将电网电流与APF出力电流比较，利用比例系数K得到APF的调制电压。本发明不受交流系统阻抗变化的影响，均能达到目标控制效果；在控制目标不同时，能分别达到不同的滤波效果。并能够满足高压直流输电工程交流系统背景谐波放大导致的换流母线谐波水平严重超标的问题，且控制效果稳定、灵活。