本发明提供了一种分体式卫星在轨平台舱质量辨识方法及系统，用于辨识卫星两舱分离后的平台舱质量。该辨识方法具体包括如下步骤：将分体式卫星两舱间重复锁紧机构断电，给两舱间磁浮作动器通电，产生大小已知的磁控力，驱动两舱运动；控制系统保持开环不控，采集两舱将位移传感器测量信息，根据解算模型得到两舱质心相对运动信息；对质心相对运动信息进行二次拟合，将拟合结果两次微分得到两舱质心的加速度信息；结合已知的舱间作用力、加速度信息和载荷舱质量信息，解算得到平台舱质量。该方法可为分体式卫星在轨推进剂剩余量评估、相对位置控制提供技术支撑。