本发明公开了一种多硒长效生态复合肥及其制备方法，包括植物秸秆粉末、鸡粪便、猪粪便、豆粕、杏鲍菇废菌糠等组分，本申请对植物秸秆进行预处理，先将植物秸秆浸泡至混酸溶液中，本申请混酸溶液选择为盐酸、柠檬酸共混溶液，混酸浸泡后再进行蒸汽爆破，利用高压蒸汽瞬间释放产生爆破，从而实现植物秸秆结构的改变，提高后续发酵处理效率和有机质的降解效率。本申请组分设计合理，工艺简单实用，制备得到的复合肥中含有大量的氮、磷、锌和有机质，能够有效提高作物的产量，增产效果明显，而且能够产出富硒、有机无公害的农产品，能够对土壤中的镉进行化学、物理吸附，抑制植物对镉元素的吸收，具有较高的实用性。