本发明公开了一种防水抗菌降温功能纤维及其制备方法，所述防水抗菌降温功能纤维由防水层和功能层复合层压制得，其中所述防水层为聚氨酯薄膜，所述功能层由聚合物载体、功能性成分、助剂、冰片共混熔融纺丝制得，所述功能层各成分的质量比为300~500：10~30：5~15：1~3。本发明所述的防水抗菌降温功能纤维的制备方法简单易行，生产成本低；所述功能纤维中，功能性成分选自植物提取物微胶囊和纳米银微胶囊，均具有抗菌作用；此外，还设有聚氨酯薄膜防水层，能够起到防尘、防水、防污染的效果，能有效阻隔细菌穿透，进一步增强其抗菌能力；并且，在功能层中加入冰片，使该功能纤维具有清凉降温的肤感，使用舒适度高。